在MiniAmp PCR實(shí)驗(yàn)（通常指小規(guī)模或高通量PCR體系）中，常用的染料主要分為?核酸凝膠電泳染料?和?實(shí)時(shí)熒光定量PCR染料?兩大類，其選擇需兼顧靈敏度和安全性。以下是具體分類及特性：

一、核酸凝膠電泳染色染料（用于PCR產(chǎn)物檢測(cè)）

用于瓊脂糖凝膠電泳中DNA條帶的可視化：

1、SYBR系列（如SYBR Green I）

與雙鏈DNA特異性結(jié)合后熒光增強(qiáng)，靈敏度高；

需注意高濃度可能抑制PCR反應(yīng)。

EvaGreen

飽和型染料，可在高濃度下使用而不抑制擴(kuò)增，適合高精度定量和熔解曲線分析。

GoldView

低毒性替代EB的染料，激發(fā)后呈綠色熒光

溴化乙錠（EB）

經(jīng)典染料，但具強(qiáng)致癌性，操作需嚴(yán)格防護(hù)，逐漸被淘汰。

二、實(shí)時(shí)熒光定量PCR染料（qPCR）

用于監(jiān)測(cè)PCR擴(kuò)增過程的熒光信號(hào)累積：

1、SYBR Green I

原理：嵌入DNA雙鏈小溝，熒光信號(hào)強(qiáng)度與產(chǎn)物量正相關(guān)；

優(yōu)點(diǎn)：通用性強(qiáng)、成本低；

缺點(diǎn)：易受引物二聚體干擾，需熔解曲線驗(yàn)證特異性。

2、TaqMan探針

原理：5'端熒光基團(tuán)與3'端淬滅基團(tuán)分離后發(fā)光，特異性高。

優(yōu)勢(shì)：適用于SNP檢測(cè)及多重PCR，背景噪音低。

3、分子信標(biāo)（Molecular Beacons）

莖環(huán)結(jié)構(gòu)探針，靶序列結(jié)合后發(fā)熒光，適合突變檢測(cè)。

三、特殊場(chǎng)景染料

1、嵌合型染料（如Syto82、Syto9）對(duì)擴(kuò)增抑制小，靈敏度高。

2、比色染料（如HNB）通過顏色變化判斷結(jié)果，無需儀器。

四、總結(jié)

1、泳檢測(cè)：推薦SYBR Safe或GoldView（安全性高）。

2、qPCR檢測(cè)：SYBR Green I（經(jīng)濟(jì)通用）或EvaGreen（高穩(wěn)定性）。

3、特殊應(yīng)用：CF®染料適用于熒光標(biāo)記探針合成。